Le MBDHP est présent sur l’ensemble du territoire national à travers des sections dans les quarante-cinq (45) sections du Burkina Faso. Ces sections constituent le premier échelon de représentation du Mouvement.  Le second échelon est la sous-section au niveau des départements. Le MBDHP dispose d’une centaine de sous-sections.  Les comités sectoriels et de villages constituent le troisième échelon de représentation du mouvement. Cette structuration territoriale permet au MBDHP d’être présent sur le terrain et de pouvoir agir sur l’ensemble du territoire national et directement au sein des communautés.  Pour plus d’efficacité, le MBDHP a divisé le Burkina en quatre zones d’administration et de gestion placées sous la responsabilité de Secrétaires administratifs régionaux (SAR). Il s’agit des zones de l’est, de l’ouest, du nord et du centre qui constituent des relais permanents entre le Mouvement (direction centrale) et ses structures délocalisées.  Enfin, pour mener à bien ses missions, le MBDHP a créé des boutiques de droit et des centres d’appui- conseils (CEA). Il dispose de boutiques de droits à Bobo-Dioulasso, Ouahigouya, Fada-N ’gourma, Houndé, Koudougou et Ouagadougou. Ces boutiques de droit et CEA écoutent, informent, conseillent, orientent, défendent, intercèdent en cas de besoin auprès d’autorités locales, coutumières ou religieuses, d’institutions ou corps spécialisés (police, gendarmerie) en vue de faire cesser des cas de violations manifestes ou insidieuses des droits fondamentaux. Elles réalisent aussi des activités de promotion des droits humains et des valeurs démocratiques. Dans ce cadre, elles mènent des activités de suivi citoyen des politiques publiques au niveau national et local.